
Ông có bốn anh trai và một em gái. Hai anh trai của anh ấy đã chết, và hai người là linh mục; em gái của anh ấy sống ở Thụy Sĩ với gia đình cô ấy.
Đức Hồng Y Agustoni đã hoàn thành chương trình giáo dục bắt buộc tại thành phố quê hương của mình. Tuy nhiên, vì muốn trở thành một linh mục, anh đã được đưa đến chủng viện Giáo phận Lugano vì cha anh muốn anh theo bước chân của anh trai Luigi, người đã vào chủng viện này vài năm trước đó.
Khi học xong cấp hai, anh được gửi đến Rome để bắt đầu học thần học.
Anh ấy đã học một năm dự bị tại Đại học St Thomas và lấy bằng triết học, nhưng các sự kiện chiến tranh đã khiến Giám mục Angelo Jelmini của Lugano giữ sinh viên của mình ở lại Thụy Sĩ và để anh ấy tiếp tục học tại Đại học Fribourg, nơi thực tế là, ông đã lấy được bằng thần học thiêng liêng.
Vào ngày 20 tháng 4 năm 1946, ông được thụ phong linh mục tại Nhà thờ chính tòa Lugano và Giám mục bổ nhiệm ông làm phụ tá tuyên úy cho Công giáo Tiến hành của giáo phận, vào thời điểm đó đã được thiết lập vững chắc và rất tích cực. Ngài được giao phó đặc biệt cho giới trẻ và sinh viên tại nhiều trường đại học Thụy Sĩ. Vì vậy, trong những năm đó, ông chịu trách nhiệm trên hết về khía cạnh đào tạo và vạch ra các chương trình cần thiết cho giới trẻ và cho Hiệp hội những người thám hiểm Công giáo.
Năm 1950, Đức Hồng Y Ottaviani, khi đó là Thẩm phán của Thánh bộ Văn phòng, đã xin Giám mục Lugano về linh mục trẻ Agustoni mà ông đã gặp nhiều lần. Trước sự kiên trì của vị Giám mục cấp cao, cuối cùng Giám mục đã nhượng bộ, mặc dù không phải là không hối tiếc.
Agustoni bắt đầu làm việc cho Tòa Thánh vào ngày 1 tháng 7 năm 1950, khi Đức Hồng Y Ottaviani được Đức Giáo Hoàng cho phép đảm nhận một linh mục chưa đến 30 tuổi trong một thánh bộ có vai trò đặc biệt nghiêm trọng và nhạy cảm, đặc biệt là trước cuộc cải tổ sau Công nguyên thứ hai. Công đồng Vatican.
Đây cũng là lý do tại sao Thẩm phán, Hồng y Ottaviani, đã theo sát vị quan trẻ trong Tu hội của mình. Để hoàn thành khóa đào tạo về khoa học thần học, ông đã khuyến khích anh bắt đầu học luật tại Đại học Giáo hoàng Lateran, và đã lấy được bằng cử nhân. Trong thời gian đó, ông tiếp tục công việc của mình tại thánh bộ cho đến khi trở thành trưởng một bộ phận.
Trong những năm đó, ông cũng được bổ nhiệm làm ủy viên tại Bộ Kỷ luật Bí tích, giải quyết các vụ án hôn nhân. Ngay sau Công đồng, ngài được bổ nhiệm làm cố vấn cho Consilium ad exsequendam Constitutionem de Sacra Liturgia, làm việc với tư cách là người liên lạc giữa hai cơ quan này, những cơ quan tham gia sâu sắc nhất vào công việc lịch sử và khó khăn của việc canh tân phụng vụ hậu công đồng. Sau đó, ông được bổ nhiệm làm cố vấn cho Thánh bộ Phụng tự do Giáo hoàng Paul VI thành lập.
Vào tháng 5 năm 1970, Đức Hồng Y Agustoni gia nhập hàng ngũ của Cơ quan Tư pháp Giáo hội với tư cách là Giám mục Kiểm toán của Tòa án Rota La Mã, nơi ông ở lại cho đến tháng 12 năm 1986, khi Đức Thánh Cha Tối cao John Paul II bổ nhiệm ông làm Thư ký Bộ Giáo sĩ, và với tư cách là Thư ký Bộ Giáo sĩ. chẳng hạn, Tổng giám mục chính hiệu của Caprulae. Chính Đức Thánh Cha đã tấn phong ngài làm Giám mục vào ngày 6 tháng 1 năm sau, cùng với chín người bạn, trong lễ tấn phong giám mục truyền thống cho Lễ Hiển Linh.

Đức Hồng Y Agustoni đã làm việc tại Bộ Giáo sĩ vào một thời kỳ đặc biệt thú vị do hai sự kiện có tầm quan trọng đối với Giáo hội. Trên thực tế, Thượng Hội đồng Giám mục về Đào tạo Linh mục trong Hoàn cảnh Ngày nay đã được chuẩn bị và sau đó được cử hành vào năm 1990. Văn kiện Pastores dabo vobis là kết quả.
Đồng thời, Đức Thánh Cha đã thành lập Ủy ban Soạn thảo Sách Giáo lý mới của Giáo hội Công giáo, do Đức Hồng y Ratzinger làm chủ tịch và có cả Đức Hồng y Tổng trưởng Bộ Giáo sĩ vì Bộ quan tâm nhiều hơn đến vấn đề này. hơn bất kỳ cơ quan nào khác, xét về năng lực thể chế của nó trong lãnh vực dạy giáo lý. Do đó, Thánh bộ được yêu cầu phải cộng tác một cách đặc biệt và Thư ký của thánh bộ có nhiệm vụ điều phối sự hợp tác này.
Thư ký của Bộ Giáo sĩ là một thành viên theo quyền của Hội đồng Giáo lý Quốc tế, một văn phòng được thành lập ngang hàng với bộ và đã chứng tỏ là một công cụ hợp lệ để nghiên cứu và tham khảo trong lĩnh vực dạy giáo lý cụ thể vì các thành viên của nó đến từ tất cả các nơi khác nhau trên thế giới. Công đồng này đã được trao một động lực mới, đặc biệt là nhằm xuất bản Sách Giáo lý mới của Giáo hội, sửa chữa tại thời điểm đó.
Ông cũng đóng một vai trò tích cực trong việc soạn thảo Tông hiến Pastor Bonus và Quy định của Giáo triều Rôma, phần nào thể hiện ứng dụng thực tế của nó.
Vào tháng 5 năm 1991, Đức Hồng Y Agustoni được bổ nhiệm làm thành viên của Tòa án Tối cao của Tòa án Tông đồ, trong khi ông tiếp tục là Thư ký của Bộ Giáo sĩ.
Tuy nhiên, chưa đầy một năm sau, vào tháng 4 năm 1992, Đức Thánh Cha đã bổ nhiệm ông làm Quyền Tổng trưởng của cùng Tòa án Tối cao này, kế vị Đức Hồng y Achille Silvestrini, người đã được bổ nhiệm làm Tổng trưởng Bộ Giáo hội Đông phương.
Với tư cách là Viện trưởng của Tòa án Tối cao, Đức Hồng y Agustoni cũng được bổ nhiệm làm Phó Chủ tịch Tòa phúc thẩm Tối cao của Thành phố Vatican.
Được đề cử làm Chánh án Tòa án tối cao của Apostolic Signatura vào ngày 29 tháng 11 năm 1994 (đến tháng 10 năm 1998).
Được phong Hồng y bởi Thánh Gioan Phaolô II trong Công nghị ngày 26 tháng 11 năm 1994, với tước hiệu Santi Urbano e Lorenzo a Prima Porta (Sts. Urban và Laurence tại Prima Porta), phó tế đã nâng pro hac vice lên tước hiệu linh mục.
Đức Hồng Y Gilberto Agustoni qua đời ngày 13 tháng 1 năm 2017.