El cardenal Gilberto Agustoni, prefecto emérito del Tribunal Supremo de la Signatura Apostólica, nació en Schaffhausen, Suiza, el 26 de julio de 1922 en el seno de una familia profundamente cristiana. Como funcionario, su padre, procedente del Tesino, se trasladó al este de Suiza por motivos de trabajo. Su madre, en cambio, procedía de un pueblo a orillas del lago de Constanza.

El cardenal Agustoni completó su educación obligatoria en su ciudad natal. Sin embargo, como quería ser sacerdote, fue llevado al seminario diocesano de Lugano porque su padre quería que siguiera los pasos de su hermano Luigi, que ya había ingresado en este seminario unos años antes.
Cuando terminó su educación secundaria, fue enviado a Roma para comenzar la teología.
Hizo un año preparatorio en la Universidad de Santo Tomás y se licenció en filosofía, pero los acontecimientos de la guerra hicieron que el obispo Angelo Jelmini de Lugano retuviera a su alumno en Suiza y lo hiciera continuar sus estudios en la Universidad de Friburgo donde, de hecho, obtuvo una licenciatura en teología sagrada.
El 20 de abril de 1946 fue ordenado sacerdote en la catedral de Lugano y el obispo lo nombró capellán adjunto de la Acción Católica diocesana, entonces muy establecida y muy activa. Se le encomendó en particular a los jóvenes y estudiantes de las diversas universidades suizas. Así durante esos años se encargó sobre todo del aspecto formativo y elaboró los programas necesarios para la juventud y para la Asociación de Exploradores Católicos.
En 1950, el cardenal Ottaviani, entonces Asesor de la Congregación del Santo Oficio, preguntó al obispo de Lugano por el joven sacerdote Agustoni con quien se había encontrado en varias ocasiones. Ante la insistencia del prelado mayor, el obispo finalmente cedió, aunque no sin pesar.
Agustoni comenzó a trabajar para la Santa Sede el 1 de julio de 1950, cuando el cardenal Ottaviani había obtenido el permiso del Papa para acoger a un sacerdote que aún no había cumplido los 30 años en un dicasterio con un papel particularmente serio y sensible, sobre todo antes de su reforma después de la Segunda Concilio Vaticano.

Esta fue también la razón por la cual el Asesor, el Cardenal Ottaviani, siguió de cerca al joven oficial en su Congregación. Para completar su formación en las ciencias teológicas, lo animó a que comenzara a estudiar derecho en la Pontificia Universidad Lateranense, donde obtuvo la licenciatura. Mientras tanto, continuó su trabajo en el dicasterio hasta convertirse en jefe de departamento.
Durante esos años, también fue nombrado comisionado de la Congregación para la Disciplina de los Sacramentos, que se ocupa de los casos matrimoniales. Inmediatamente después del Concilio, fue nombrado consultor del Consilium ad exsequendam Constitutionem de Sacra Liturgia, actuando como enlace entre estos dos dicasterios que estaban más profundamente involucrados en la difícil e histórica empresa de la renovación litúrgica posconciliar. Posteriormente fue nombrado consultor de la Congregación para el Culto Divino establecida por el Papa Pablo VI.
En mayo de 1970, el Cardenal Agustoni ingresó en las filas de la Magistratura Eclesiástica como Prelado Auditor del Tribunal de la Rota Romana, donde permaneció hasta diciembre de 1986, cuando el Sumo Pontífice Juan Pablo II lo nombró Secretario de la Congregación para el Clero, y como tal, Arzobispo titular de Caprulae. El mismo Santo Padre lo ordenó obispo el 6 de enero siguiente, junto con nueve hermanos, durante la tradicional ordenación episcopal para la Epifanía.
El cardenal Agustoni trabajó en la Congregación para el Clero en un período particularmente interesante debido a dos hechos de importancia eclesiástica. De hecho, se estaba preparando el Sínodo General de los Obispos para la Formación de los Presbíteros en las Circunstancias del Tiempo Actual y se celebró entonces en 1990. Fruto del mismo fue el documento Pastores dabo vobis.
Al mismo tiempo, el Santo Padre había instituido la Comisión para la Redacción del Nuevo Catecismo de la Iglesia Católica, presidida por el Cardenal Ratzinger y a la que pertenecía también el Cardenal Prefecto de la Congregación para el Clero, ya que el dicasterio estaba más preocupado por este tema que cualquier otro, dada su competencia institucional en el campo de la catequesis. Por tanto, la Congregación estaba obligada a colaborar específicamente y correspondía al Secretario del dicasterio coordinar esta colaboración.
El Secretario de la Congregación para el Clero era miembro de derecho del Consejo Internacional para la Catequesis, una oficina establecida al mismo nivel que el dicasterio y que ha demostrado ser un instrumento válido de estudio y consulta en el área específica de la catequesis porque sus miembros vienen de todas las diferentes partes del mundo. Este Concilio recibió un nuevo impulso, especialmente con miras a la publicación del nuevo Catecismo de la Iglesia, siendo
preparado en ese momento.
También participó activamente en la redacción de la Constitución Apostólica Pastor Bonus y del Reglamento de la Curia Romana que representa parcialmente su aplicación práctica.
En mayo de 1991, el Cardenal Agustoni fue nombrado miembro del Tribunal Supremo de la Signatura Apostólica, mientras continuaba como Secretario de la Congregación para el Clero.
Sin embargo, apenas un año después, en abril de 1992, el Santo Padre lo nombra proprefecto de este mismo Tribunal Supremo, en sustitución del cardenal Achille Silvestrini, que había sido nombrado prefecto de la Congregación para las Iglesias Orientales.
Como Pro-Prefecto del Tribunal Supremo, el Cardenal Agustoni también fue nombrado Pro-Presidente del Tribunal Supremo de Apelaciones de la Ciudad del Vaticano.
Nombrado Prefecto del Tribunal Supremo de la Signatura Apostólica el 29 de noviembre de 1994 (hasta octubre de 1998).
Creado y proclamado Cardenal por San Juan Pablo II en el Consistorio del 26 de noviembre de 1994, del Título de Santi Urbano e Lorenzo a Prima Porta (Santos Urbano y Lorenzo a Prima Porta), diaconía elevada pro hac vice a título presbiteral.
El cardenal Gilberto Agustoni falleció el 13 de enero de 2017.